自身免疫性肝炎的诊断，主要是通过化验血清转氨酶是否异常，比如发现谷丙转氨酶或者谷草转氨酶的异常，伴有肝穿刺活检发现了有界面性的炎症。其次是有自身抗体阳性的表现，比如抗核抗体、抗线粒体抗体、抗平滑肌抗体、可溶性肝抗原抗体、肝肾微粒体抗体的阳性。自身抗体的诊断对于自身免疫性肝病是比较重要的，特别是自身免疫性的肝炎，肝穿刺是诊断的金标准。