自身免疫性的肝炎发病原因不明确，还常会伴有肝外系统的免疫性的损害，如甲状腺炎，溃疡性结肠炎等。临床上有大约五分之一的病人会出现自然的缓解，自身免疫性肝炎的治疗原则主要是抑制异常的自身免疫反应，经过积极的治疗后半数以上的病人会出现临床缓解，有肝硬化的病人可能愈后不良。