排卵障碍可能是系统性疾病引起的：严重营养不良、肥胖或饮食中缺乏某些维生素，可影响卵巢功能；内分泌和代谢疾病如甲状腺机能亢进或甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能亢进或功能减退以及严重的糖尿病也会影响卵巢功能。中枢性疾病也会导致排卵障碍：下丘脑-垂体-卵巢轴功能障碍，引起月经紊乱，如月经无排卵、闭经。压力过大、焦虑等心理因素也会影响下丘脑-垂体-卵巢轴，抑制排卵。