月经干净后又流血的原因有以下几方面，具体如下：
月经干净了又出血了，称之为月经间期的出血，是一种不正常的现象。一种是由于功能性的原因；另一种是由于器质性病变所导致的。功能性原因导致的月经间期出血主要常见于卵巢功能的异常，比如青春期的女性由于下丘脑-垂体-卵巢轴的调节功能还不完善，会导致对月经调节不稳定，因此会出现月经不正常，其中就会导致月经间期的出血。