尿分叉是一种偶然的、暂时性的，与生理上的病因没有关系。
最多的情况是一晚后，早上小便会出现分岔，这是由于尿液在膀胱里堆积，压力过大，小便时用力过猛，造成尿道口形状临时发生变化，出现尿分叉，另外，射精后，由于一些精液残留在尿道中，会造成尿分岔。一般的病理性尿分叉是多种原因引起的，主要是因为残尿分叉是由后尿道和尿道口的狭窄引起的，而这些疤痕会造成尿液无法顺畅地排泄，从而引起尿道炎、前列腺炎等。