怀孕初期检查有囊肿可通过以下方式进行处理：
妊娠早期发现有囊肿可能是妊娠期间伴有的附件囊肿。妊娠伴有附件囊肿通常是一种良性的疾病，其病因包括内分泌功能失调、遗传、环境等。如果囊肿体积小，没有任何的临床表现，基本不会对怀孕产生什么不良的影响。如果妊娠时有严重的附件囊肿，伴随着孕周的延长而发生腹部疼痛，甚至会对怀孕造成一定的阻碍。如果囊肿的大小或者妊娠时的症状比较严重，可以在妊娠三个多月后进行适当的处理。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，应该尽早进行手术治疗。