睾丸疼痛的原因复杂，50%病人无法找到确切病因，称为特发性睾丸疼痛；能够找到明确病因的睾丸疼痛称为继发性睾丸疼痛。常见的睾丸疼痛病因包括外伤、精索静脉曲张、急性附睾炎、慢性附睾炎、睾丸扭转、输精管切除术后以及腹股沟疝修补术后。需着重强调，输精管结扎后也可能引起长期睾丸慢性疼痛。慢性非细菌性前列腺炎也可能引起睾丸慢性疼痛，又称为慢性骨盆疼痛综合征。