阴茎短小应该是不会疼痛的。青少年发育期间，摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分内缩于腹内；性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。