尿道炎的病原菌主要为革兰阴性杆菌，其他尚有肠球菌、表皮葡萄球菌和腐生葡萄球菌，少数为真菌。尿路畸形或功能异常容易引起尿道炎，局部创伤或防御功能降低导尿、膀胱镜检及泌尿系统手术均可诱发尿道炎，全身性抵抗力低下容易引起尿道炎，性生活时由于女性尿道口受压内陷和创伤等，前尿道的细菌可直接挤入膀胱引起感染造成尿道炎。