复杂性尿路感染需要根据病情的轻重来进行治疗。在治疗复杂性尿路感染时，需要考虑到患者的排尿功能和其它可能的因素，需要进行营养支持。如病情较重，一般需入院，糖尿病、尿路梗阻等基础疾病要进行有效控制，并配合内分泌专科等专科医师进行综合处理，否则仅靠药物是很困难的。其次，要依据临床实践，应用广谱抗菌药物，在用药过程中，要根据病情和耐药性的改变，适当的改变治疗方法，有些病人还需通过联合治疗来改善情况。