衣原体感染两年了可以通过药物治疗来改善，还需要进行生活护理。
可以采取抗生素治疗，主要是口服大环内酯类抗生素，比如红霉素，或者是喹诺酮类抗生素，比如左氧氟沙星等，可以起到消炎、消毒的效果。多喝开水或者是喝稀饭，可以促进身体的新陈代谢，对咳嗽等症状也有一定的帮助。保证充足的睡眠，身体是有自我修复能力的，充足的睡眠对身体的康复是非常有益的，可以起到一定的辅助作用。在日常生活中要避免吃辛辣刺激的食物。