男性衣原体感染可能是直接接触、免疫力低下等原因造成的。
衣原体可以通过一个细小的破洞进入人体，它会在几天后潜藏起来，直到细菌数量达到一定程度才会发作。另外，也可能是因为病人本身的免疫功能比较差。这种情况是指不是通过性传播，如果患者暴露在衣原体感染病人身上，或者是被污染了的器具上，比如说，带着分泌物的浴巾、脚布、脚盆、马桶等。这也是最普遍的原因，因为它是由非性传播的。