目前还没有任何一种口服药物可以根治HPV感染。患者可以使用干扰素、抗病毒药物、免疫调节药物等都来治疗HPV病感染，不过药物只是作为辅助药物，HPV是否被清除取决于病人自身的免疫力。
以干扰素为主，抗病毒剂及免疫调节剂为主，常见的药物有阿昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦等。
患病后，在性生活中一定要佩戴安全套，以免出现交叉感染。