亚健康状态的人群，免疫力低下，容易通过各种途径感染衣原体。
此外，最主要的感染途径就是传染，如衣原体肺炎，主要通过飞沫传播、接触传播，沙眼通过眼-手接触传播；生殖泌尿器衣原体感染可以通过性接触传播，新生儿则由母亲生殖道分娩时感染，或者母婴传播。