人乳头瘤病毒感染根据分型，治疗方式存在差异。
例如人乳头瘤病毒感染低危型，在不引起宫颈病变的情况下，病毒可由本身抵抗力清除。人乳头瘤病毒并不引起宫颈病变，属慢性宫颈炎之类可应用促病毒消失药物，如干扰素、生物蛋白敷料，及保妇康栓之类的药物，以有助于人乳头瘤病毒的去除。高危的情况下，可能需要手术进行治疗。