传染性软疣通过夹除术、冷冻等方法治疗比较好。
夹除术就是酌情使用局麻剂，然后使用无菌镊子把疣体直接夹除。冷冻法较适用于大范围皮肤病变，是利用液氮形成的低温让疣体发生坏死和脱落，但是在手术后会出现水疱、色沉的不良反应。
除去除疣体外，截断传播途径也很重要，避免与感染者发生性接触、直接接触，以免二次感染。