病毒性疣选择合适的治疗方式治疗效果好的快，主要有物理治疗和药物治疗等。
物理治疗中可以使用冷冻，激光，电烧灼或刮除等手段去除，较大者也可采用手术方法去除。外用药物治疗，其中包括:鬼臼毒素酊，造成疣体的坏死和脱落。也可使用抗病毒药物如氟尿嘧啶软膏，咪喹莫特霜和干扰素凝胶等。