儿童传染性软疣是由病毒感染引起，很可能自愈，但自愈所需时间个体差异较大，一般推荐抗病毒药物治疗。
儿童可以在医生的指导下擦维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、西多福韦软膏、莫匹罗星软膏等。治疗过程中，应谨守医嘱、合理使用药物，切勿自行服药，以免造成严重不良反应。