单纯的隐性脊柱裂一般不会出现临床症状，但在脊髓内的神经结构受到损伤后，会出现神经症状，以小儿夜遗尿为主。通常，父母在儿童长期遗尿后，检查后才会发现先天性脊柱裂。
对于浮棘型的病人，由于腰骶部的发育较差，会导致腰部长期疼痛，有些病人还会有下肢神经辐射痛。吻棘型的病人，早期的症状是腰部疼痛，之后的伸长是非常明显的，严重者还会出现双下肢放射痛。