真菌感染是真菌性关节炎的主要病因真菌感染、机体抵抗力低下、体内菌群紊乱、治疗设备等因素引起的，具体内容如下：
1.真菌感染：真菌是本病最常见的致病因子，各种真菌都能引起骨关节病变，其中申克孢子丝菌为社区感染；医院感染主要是假丝酵母菌和组织胞浆菌。常见致病菌有粗球孢子菌、皮炎芽生菌、念珠菌、隐球菌等。血液感染、皮肤感染、接触感染等都是有可能的。
2.机体抵抗力低下：系统性红斑狼疮、恶性肿瘤等慢性消耗性疾病会导致机体抵抗力下降，一些寄生于人体内的白色念珠菌等病菌会转化为真菌性关节炎。
3.体内菌群紊乱：长期使用激素、免疫抑制剂、免疫力低下的患者，人体正常菌群在药物的作用下，菌群紊乱，致病菌容易侵入关节，从而出现真菌性关节。
4.治疗设备：体内放置医疗器械的时间过长：由于各种原因，需要长时间放置鼻饲管、尿管、胃管等，为真菌繁殖提供有利条件，从而引发感染。