溃疡性结肠炎性关节炎的发病机制尚不清楚，主要有细菌病毒、真菌原虫、淋巴管堵塞、淋巴细胞聚集、炎症循环障碍等。这些还不能确定，但可以确定的是，大部分的HLA-B27呈阳性，这就意味着基因品质是导致这种疾病的主要原因。近年来，免疫调节机制的紊乱，主要是因为它的病理形态、慢性炎症、肉芽肿、多种系统的损伤，例如关节炎的皮肤损害，免疫抑制疗法的疗效。当然，免疫方面的研究也有了很大的进展，比如患者的血清中有抗结肠抗体，而抗大肠杆菌多糖的抗体被证实，40kD的器官特异蛋白能够与IgG结合，这就证明了这种疾病是自身免疫性很高的。