反应性关节炎通常有细菌的感染。
目前，有部分研究已经确认了在反应性关节炎患者的关节滑膜组织、滑膜液以及沉淀物中含有诸如衣原体和其它细菌等的致病微生物。另外，通过电子显微镜观察，可以观察到衣原体的整体结构，以及衣原体RNA，这些情况提示致病微生物具有一定活性。因此，反应性关节炎一般存在细菌感染的情况，考虑为血液经血管渗入关节所致，也可能与细胞携带相关，例如被白细胞所吞食的衣原体，可能通过被携带而进入关节。