灌肠可以局部用药，对全身的影响比较小，灌肠可以直接作用于消化道，对于孩子便秘、肠炎等引起的消化道问题，具有明显的改善、治疗作用。但是婴儿灌肠也有一定的坏处，如果灌肠操作不当，尤其是灌肠压力过大，会导致孩子出现肠穿孔。会导致肠道菌群的紊乱，因为灌肠的药物会干扰孩子的正常肠道菌群，从而引起肠道菌群的紊乱，孩子会出现便秘、腹泻等其他的消化道症状。