有20多种肠道病毒导致手足口病，其中最常见的是CoxAsckievirusA16（CoxA16）和肠道病毒71（EV71）。手足口病的感染源是患者和潜伏感染。在流行期间，患者是主要的感染源。患者在疾病发作后1至2周将病毒从咽部排出，并且病毒在约3至5周内从粪便中排出。疱疹液体含有大量病毒，病毒在破裂时会溢出。药物携带者和散发病例是间歇性和流行期间的主要感染源。