亚急性甲状腺炎的后果是颈部有显著疼痛感，全身有炎症反应，病人可有浑身乏力现象，食欲减退等。
对于这种情况一般都是先进行对症治疗，然后再考虑是否需要使用药物进行治疗，因为很多时候这些症状都是由一种叫做亚甲炎引起的，所以通常称之为亚甲炎。再者是尽管亚甲炎其典型病程分为3期，甲亢和甲减期，也有恢复期，多数病人甲状腺功能均能恢复正常，但有极个别病人亚甲炎后留下永久性甲状腺功能减退。另外还有部分患者在经过了一段时间的治疗后，其症状仍然没有改善，并且病情还进一步加重，最终发展成甲状腺癌或者是转移癌等严重并发症。这部分病人屈指可数，但若有必须给终身甲状腺激素替代治疗。