腺垂体功能减退症一般需与神经性畏食、原发性甲减等疾病相鉴别。
1.神经性畏食：会出现食欲减退、怕冷、闭经等症状，常见于年轻妇女，并有精神创伤史，由于饥饿病人的生长激素水平在正常或上限时，除了性功能减退，其他情况下不会出现甲状腺肾上腺皮质功能低下。
2.原发性甲减：除了甲状腺机能下降外，还会引起其它内分泌器官的机能下降，故常会被误诊为腺垂体功能减退，原发甲减以粘液性水肿外观为主，血胆固醇升高较多，常伴有心脏增大。