甲减如果不及时进行有效的治疗，可能会影响智力，但概率较低。
比如先天性甲状腺功能低下症，如果不及时治疗，会对儿童的智力和身体发育造成一定的影响，因此，医院会对每个新生儿进行先天性甲状腺功能减退症的筛查，而儿童的甲状腺功能低下症，如果不及时进行治疗，可能会对儿童的身高和学习成绩造成一定的影响，因此建议积极治疗。