通常分为内科治疗的甲状腺疾病和外科治疗的甲状腺疾病两大类，患者可以挂内分泌科、普外科等科室。
内分泌科是治疗糖尿病、肥胖、骨质疏松、痛风、甲状腺疾病等疾病的专业科室。甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退等需通过药物进行治疗。甲硫咪唑片、丙硫氧烷啶片等可以缓解甲亢的情况；甲状腺机能低下的患者可以口服甲状腺素钠片、甲状腺片等。普外科是以外科为主，甲状腺肿、甲状腺肿瘤等甲状腺疾病，在普外科就诊，严重者需进行外科手术治疗。