一般情况下，甲亢怀孕后期可在医生指导下优先选择甲巯咪唑片治疗，具体内容如下：
甲巯咪唑片是妊娠晚期的首选药物。甲巯咪唑片和丙硫氧嘧啶片对孕妇和胎儿都有一定的危害，但甲基巯咪唑片可能会引起胎儿的畸形，在备孕和妊娠早期可以服用丙硫氧嘧啶片，但由于丙硫氧嘧啶片存在肝毒性，如果长时间服用，可能会出现肝功能衰竭的危险，因此在孕中期和晚期最好选择甲巯咪唑片。在进行治疗的过程中要监测甲状腺功能、血常规、肝功能等。