甲亢药物治疗的总疗程约为1年至1年半，停药应重点关注的指标，以促甲状腺素受体抗体为主。
另外还有一些情况就是亚临床甲状腺炎和慢性甲状腺炎同时存在的状态。促甲状腺素受体抗体继续阴转，可考虑停药，转阴的时间不长，停药后复发率高，还有一些需要借鉴的指标，也有以下几种情况：第一种情况，例如，甲状腺肿大显著减小，甲功全正常，二是共同临床表现，例如，某些甲亢常见临床表现消失了，还可考虑停止服药。第二个表现就是容易兴奋或者容易烦躁，这类情况一般都是因为甲亢引起的，所以在临床上很常见。这些共同临床表现有易激动、烦躁不安失眠、心悸无力、怕热出汗、消瘦、食欲亢进等症状，大便次数多或拉肚子，妇女月经稀少等。第二个是在停用了激素治疗以后，还要继续观察一段时间，如果病情稳定，就可开始用药。病人在停药时，会出现不同程度复发机会，甲状腺功能检测需逐年开展。