三叉神经痛的原因主要是邻近的小动脉搏动骚扰刺激到三叉神经表面的痛觉神经纤维所引起的，这种三叉神经痛被称之为原发性三叉神经痛。因为三叉神经刚刚从脑干发出来的这一部分，还没有来得及形成神经鞘加以保护，容易受到附近脑干的小动脉搏动骚扰刺激。