克罗恩病患儿常因营养吸收不良、慢性肠道失血引起营养不良、贫血等并发症，儿童常因营养吸收障碍导致生长发育缓慢，此外，用其他原因无法解释的关节炎，结节性红斑，发热，贫血或在儿童中发育迟缓。目前尚无研究表明克罗恩病本身会直接影响智力水平，但儿童重度营养不良可能影响智力发育。