一般情况下，小脑扁桃体下疝畸形的治疗方法为外科手术治疗，具体如下：
小脑扁桃体下疝畸形属于胎儿期后脑先天发展异常所引起的一种先天性畸形，在处理方面，一般认为对于没有临床表现的病人，不必做任何预防措施，但要避免头颈部的损伤，以及颈部的过度拉伸，否则会加重病情，甚至会导致延髓压迫，导致窒息，对于具有突出临床表现的I型Chiari异常，可以进行颅后窝上颈髓减压，而如果有空腔，可以进行脊髓空洞分流。对于ChiariII型的病人，外科减压的疗效更低，但是仍然需要尽早进行外科治疗。