一般情况下，脑起搏器的手术从手术风险来看会有麻醉药过敏、起搏器囊袋感染、起搏器囊袋血肿等风险。
脑起搏器是一种可逆性的神经刺激疗法，但也要通过手术安装，把刺激电极植入脑内神经核团，脉冲发生器植入胸部皮下，通过皮下导线把刺激电极和脉冲发生器连接起来。由于要装一个机子在身体里面，还会有排异、感染、导线断裂、短路等机子本身的并发症。日常生活中患者要注意适量吃营养丰富的食物，如菠菜、苹果、香蕉等，能够增加体内的营养，有利于身体的恢复。