一般来说，萎缩性胃炎伴胆汁反流应当通过以下方式治疗。具体分析如下：
萎缩性胃炎伴胆汁反流，患者可以在医生的指导下使用吗丁啉、斯达舒、枸橼酸铋钾、硫糖铝等药物进行治疗，有助于缓解不适症状。如果患者已经感染幽门螺旋杆菌，那么需要遵医嘱使用克拉霉素、阿莫西林进行抑菌治疗。
需要注意的是，患者的三餐应定时、有规律，必要时可在医生的指导下少食多餐。