通常情况下，小儿脑干胶质瘤发病没有明显的病原，其本质均属胶质瘤，以星形细胞瘤和多形胶质母细胞瘤为主，少数是以节状胶质瘤及室管膜瘤为主，在脑干上段以低度或恶性星形细胞瘤为主，而在脑干下段，以胶质母细胞瘤为主。大部分的脑干胶质瘤发生在中脑延髓区，边缘清晰，无浸润，无水肿，病理上可分为毛细胞性、纤维性星型、或少见的节状胶质瘤。局部脑干胶质瘤多见于桥脑区，利用MRI进行神经导航和神经电生理学的监控，可以有效地减少病人的神经功能损失。