神经元蜡样脂褐质沉积症患者需要长期间歇性治疗，目前尚无确切特效药物，临床常用药物包括左乙拉西坦、磷酸半胱氨酸、环孢素等。
1、左乙拉西坦：左乙拉西坦、托吡酯可能有较好的疗效，左乙拉西坦为吡拉西坦的类似物，是一种具有全新抗癫痫作用机制的新型抗癫痫药物，口服吸收迅速完全，副作用较少。
2、磷酸半胱氨酸：磷酸半胱氨酸为一种水解酶抑制剂能够清除溶酶体蜡样脂，防止再贮积和细胞凋亡。
3、环孢素：环孢素属于强效免疫抑制剂的一种，国外研究显示应用免疫抑制剂使部分患者神经元炎性反应和免疫球蛋白沉积减少，同时明显提高运动能力，但合并其他严重感染者禁用。