脑炎通常治疗时都需遵医嘱，如脑炎总是反复发作，通常应找出原因。
如果是因为细菌感染而引起的，那么可以根据病情来选择使用抗菌药物或者抗病毒药等对症用药。通常如病毒感染，通常为单向病程，此类病人多数预后良好。如结核杆菌感染引起结核性脑炎或真菌感染等，尤以隐球菌感染引起脑炎较多见，这类病人的疗程将相对延长。另外还有一部分是由于其他疾病引起的脑炎，这类患者大多病情比较严重，甚至还可能出现死亡。因此，对此类病人必须去正规医院就诊，遵医嘱用药，不可任意停药、换药或减量，避免了病人颅内感染的状况不被控制。