通常情况下，阿米巴肠病是营养不良、免疫力低下等原因引起的。
阿米巴虫体的发生与寄生的关系是引起寄生虫病的，是一种传染性疾病，病患、恢复期和无症状带虫者是传染源。其传播途径以粪-口传染为主。阿米巴多主要分布于盲肠，直肠、乙状结肠、阑尾次之，而横结肠、降结肠则较为罕见。阿米巴营养体侵入肠壁，并可累积至整个或部分的大肠。阿米巴入侵的潜伏期是根据宿主的免疫系统和肠道的感染。