通常情况下，毛石肠梗阻综合征是肠梗阻或幽门梗阻引起的。
毛石肠梗阻症候群的病因是由于吞食了大量的长纤维物质，无法被人体消化，从而在胃肠蠕动的机械力作用下发生卷曲，从而导致高位肠梗阻或幽门梗阻。主要是因为有异嗜性或精神病的人喜欢咀嚼吞咽长纤维材料，如头发、丝线类物质，这种物质在胃部的蠕动下无法被人体消化，会在胃部的蠕动中卷曲成一团，当胃液被胃液推动到小肠时，毛石的尾部会通过幽门进入空肠，因为它会缠得很紧，无法继续向前，在胃和空肠的上段会越来越大，造成高位肠梗阻或幽门梗阻，而毛石则会挤压到肠壁的系膜一侧，造成坏死，甚至穿孔。