宝宝囟门凹陷可能是脱水、营养不良、遗传代谢性疾病等原因导致的，具体分析如下：
宝宝囟门凹陷可能是由于宝宝出现高烧、肺炎等，会造成呼吸和心跳加速，从而造成不明显的脱水；小儿尿量减少，囟门凹陷，严重时可导致电解质和酸碱平衡失调。其次为因营养不足导致的皮下脂肪减少、囟门凹陷、体重减轻等症状。还有可能是遗传代谢性疾病导致的，主要表现为囟门凹陷以及过早闭合、头围小等。