一般情况下，儿童消化不良引起发烧吃什么药，需在医生的指导下使用，具体分析如下：
小儿消化不良导致的发热，其正常情况下是不需要吃退烧的，可以口服清热开胃消积滞的中药，比如小儿七星茶、小儿七珍丹、大山楂丸、小儿豉翘清热颗粒、清热化滞颗粒等。
还可以让宝宝吃一些有益于调节肠胃菌群的有益作用，比如干草杆菌二联活菌颗粒，双歧三联活菌等。建议父母在服药时要严格遵守医生的指导，不要私自使用，以免影响到宝宝的用药。