一般来说，两岁宝宝指甲分层脱落应该通过以下方式处理。具体分析如下：
两岁宝宝指甲分层脱落，这与其在恢复期、缺铁、锌、缺乏维生素B、真菌感染等因素有关。儿童出现食欲减退、贫血等症状时，可以适当补充钙、铁、锌等。此外，还可能是手足口病的恢复过程中出现的症状，这种情况下，一般不需要特别治疗，半年后就会重新生长出来。如果是一层一层的指甲剥落，并且出现了不正常的发黄、发灰等症状，那么就需要到皮肤科进行检查，确定了病因，再进行针对性的处理。
日常生活中，应当注意适当进行户外活动，一定程度上可以机体的抗病能力，对身体有好处。