孕早期褐色分泌物是可能多种原因导致的，具体分析如下：
1.如果是有预兆的流产，建议去医院做一下血液检测，主要是检测孕妇的情况，比如人绒毛膜促性腺激素和孕酮。如果是在5-6周的时候，可以做彩超来了解胎儿的发育。
2.异位妊娠，一般可以通过彩超来判断是否有宫内妊娠或者宫外妊娠。
3.可以进行妇科检查，确定是否存在宫颈息肉等宫颈疾病。