通常情况下，肾结石有尿但尿不出来会损伤肾脏。具体情况分析如下：

肾结石是草酸钙等晶体物质在肾脏异常聚集所致，可能会出现腰腹部疼痛、血尿、恶心、呕吐等症状，肾脏产生尿液以后需要通过输尿管排出体外。如果肾结石堵塞输尿管或肾盂，就会造成尿液潴留，肾脏可能会因为负担加重，进而损伤肾脏，因此肾结石有尿但尿不出来会损伤肾脏。