手指两侧起小水疱很痒通常可以使用抗真菌类药物来进行治疗。一般来说手指两侧起小水疱并伴有瘙痒的症状通常是由手廯引起的，这种情况就需要使用抗真菌的药物来进行治疗。如果手指两侧起小水疱很痒的情况是湿疹所致，就需要使用一些糖皮质激素药膏来进行治疗。如果出现手指皮肤两侧长小水疱很痒的情况，患者还可以配合口服抗阻胺的药物来进行治疗。