一般来说，儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征的治疗方法有药物、手术等。
儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征主要是对症治疗为主，如果有骨骼发育畸形的情况，可以进行手术。患者可以遵医嘱口服外源性胰酶制剂、脂溶性维生素A等药物改善消化功能和营养状态。如果是间断或持续性中性粒细胞减少的患者,，可以遵医嘱使用粒细胞集落刺激因子(G-CSF)治疗。如果是儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征伴有骨骼发育畸形，可以遵医嘱进行手术治疗。