由于小儿精神障碍和智力发育迟缓的病因和病因比较复杂，根据疾病的种类和处理方式也不尽相同。对该病的治疗主要是以利培酮、奥氮平、喹硫平等药物为主，并配合运动疗法和教育疗法。
儿童精神分裂症的药物主要有利培酮、奥氮平、喹硫平等，情绪稳定剂如丙戊酸钠、碳酸锂、丙戊酸钠、舍曲林等。为了预防更严重的副作用，必须控制剂量。小儿神经症主要是服用抗焦虑药物，同时还需要进行心理治疗。儿童多动症还可以服用苯丙胺、利他林、匹莫林、托莫西汀等药物。