一般情况下，儿童军团病肾病可能是军团菌感染引起的。
军团菌是一种常见的需要氧革兰阴性杆菌，常见于自然环境中，比如自然水和泥土，而军团菌则可以通过人体的单核和巨噬细胞来生存和繁衍。军团菌通过呼吸道侵入引起炎症，可能会影响到肾，其分泌的β-内酰胺能引起细胞的溶解和分解，并使其释放出引起小儿军团病的毒性物质。如果患有免疫缺陷疾病、使用免疫抑制药、肿瘤、糖尿病等，均可引起免疫功能低下，从而使儿童容易受军团菌的影响，而诱发儿童军团病肾病。如果儿童长期在密闭的环境下，没有通风，空调冷凝水、冷热水管道、空调冷凝水等可能会存在军团菌，从而引起儿童感染。在夏季和秋季，温高、湿度大，容易引起军团菌扩散，导致儿童感染。