一般情况下，婴儿注射红霉素，可能会有胃肠道反应、引起过敏反应、造成肝脏损害等副作用。
注射用红霉素是一种抑菌抗生素，属于大环内酯类抗生素，有一定的副作用。其比较常见的副作用就是胃肠道反应，可能会出现食欲下降、恶心、呕吐、腹部不适、腹泻等症状如果婴儿对该药过敏，还可能引起过敏反应，从而引起荨麻疹、药物热等现象；如果家长擅自给婴儿使用较大剂量的婴儿注射红霉素，且使用的时间比较久，可能会造成肝肾功能损害。